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基因组学技术通过对于生物体全部基因的测定与量化分析，在基础生命科学和临床医学等多个领域得到广泛应用，成为理解生命本质，实现个性化精准诊疗等应用的核心关键技术。然而目前基因组的测定对于硬件资源和操作环境的要求很高，难以实现随时随地部署，而在量化分析方面对于与人类疾病密切相关的基因异常的检出能力仍然有限，这些都极大地制约了这项技术的广泛落地应用。人工智能为基因组学技术的发展提供了全新的范式和有力的工具...
中国科学院苏州生物医学工程技术研究所医学影像室高欣、夏威、陈颖、张睿等人以肝细胞癌为实验对象，开展了影像基因组学的初步研究。该研究获取了癌症基因图谱数据库（The Cancer Genome Atlas，TCGA）上371例肝细胞癌患者基因表达数据与总生存期，及其中38例患者的增强CT数据。针对CT数据，采用基于体素的子区域聚类方法，将肿瘤区域划分为3个子区域。从各子区域中，提取了影像组学特征，并...
上海交通大学生命学院细菌比较基因组学研究取得系统性进展
上海交通大学生命学院 细菌比较 基因组学 系统性进展
2011/11/7
近日，国际知名分子生物学刊物《Nucleic Acids Research》在线发表了上海交通大学微生物代谢国家重点实验室邓子新研究团队2010级博士生毕德玺为第一作者的论文“ICEberg: 基于web的细菌整合型接合元件资源”。这是继去年7月和今年1月《Nucleic Acids Research》先后报道了“mGenomeSubtractor: 基于并行计算的细菌基因组差减杂交模拟工具” 和...
生物质谱在基因组学研究中的应用
基因组 生物质谱
2008/4/28
述生物质谱用于分析核糖核酸的应用进展。概述电喷雾电离质谱(ESI-MS)和基质辅助激光解吸电离质谱(MALDI-MS)的原理及它们在核酸分析中的应用。总结质谱用于单核苷酸多态性分型分析(SNP genotyping)；对短的串联重复序列(STR)的分析；对寡核苷酸片断的序列分析等三个方面的研究成果。提出质谱用于基因组学研究存在的问题，并展望生物质谱未来的发展方向。