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中国农业科学院棉花研究所专利：一种批量分析微卫星数据的生物信息学方法
批量分析 微卫星数据 生物信息学
2024/4/11
本发明公开了一种批量分析微卫星数据的生物信息学方法。本发明所提供的批量分析微卫星数据的生物信息学方法综合运用了检测微卫星无效等位位点的Cervus、MICRO CHECKER软件，计算群体遗传结构的STRUCTURE分析和PCoA分析，以及结合Perl脚本语言编程等方法。实验证明，本发明所提供的批量分析微卫星数据的生物信息学方法全面而系统，去除无效等位位点的微卫星数据更加准确，整个批量处理过程只需...
近日，《基因组蛋白质组与生物信息学报》（Genomics, Proteomics & Bioinformatics, 简称GPB）公布了2022年度“中国生物信息学十大进展”，我院张世华团队研究成果入选。
山东大学承办第六届中国计算机学会生物信息学会议（图）
山东大学 计算机学会 生物信息学
2021/12/16
2021年12月3日-5日，第六届中国计算机学会生物信息学会议在青岛召开。本次会议由中国计算机学会（CCF）主办，中国计算机学会生物信息学专委会和山东大学共同承办，青岛科技大学协办。中国计算机学会生物信息学会议旨在为从事生物信息学研究的专家学者、学生提供一个学术交流平台，促进我国生物信息学领域的学术交流与合作研究。本次会议共有2组主会场报告和6组分会场报告，其中特邀报告7个、邀请报告19个、会上交...
刘韶教授团队在《Nucleic Acids Research（核酸研究）》《Briefings in Bioinformatics（生物信息学简报）》等国际顶尖期刊发表原创性研究（图）
刘韶教授团队 核酸研究 国际顶尖期刊
2022/5/17
近日，中南大学湘雅医院药学部主任刘韶教授团队在药物-药物相互作用领域的研究中取得了重要研究成果，并以“DDInter: an online drug-drug interaction database towards improving clinical decision-making and patient safety（DDInter：一个用于改善临床决策和患者安全的在线药物相互作用数据库）”...
细胞是生命活动的基本单元，基于二代测序和单细胞分析的新手段在更深层次上揭示生命活动本质和规律。因新方法新工具的不断涌现，亟需对主流的分析方法和算法进行基准评价，为科技工作者提供选择依据。
吉林大学人工智能学院李向涛教授指导的2020级硕士研究生侯子龙同学的论文iDeepSubMito: Identification of protein sub-mitochondrial localization with deep learning近日被Briefings in Bioinformatics杂志接收。Briefings in Bioinformatic 是Oxford Acade...
2021年5月21—23日，中国人工智能学会生物信息学与智能信息处理2021年学术会议（BIIP2021）在武汉召开。本次会议由中国人工智能学会主办，华中农大信息学院、生物信息学与人工生命专业委员会承办，湖北省农业大数据工程技术研究中心协办，350名领域内专家学者参与交流。
为迎接即将到来的全国第五个科技工作者日，庆祝中国人工智能学会40周年。2021年5月21日至23日，生物信息学与智能信息处理2021年学术会议（BIIP2021）在武汉召开。该会议由中国人工智能学会主办，CAAI生物信息学与人工生命专委会、华中农业大学信息学院共同承办，350名专家学者参会并进行学术交流。
运用生物信息学方法筛选及鉴定肾透明细胞癌(ccRCC)相关的潜在靶基因及信号通路。方法在GEO网站搜索基因芯片GSE40435、GSE53757、GSE46699和GSE16441的数据集，用GEO2R识别ccRCC和正常肾组织之间的差异表达基因，并对4组数据的共同差异表达基因进行聚类分析。
寻找三阴性乳腺癌（TNBC）研究与治疗的可能靶点，并采用生物信息学对影响TNBC预后的基因进行分析预测。检索The National Center for Biotechnology Information（NCBI）数据库，分析不同组间差异基因后提交至Enrichr网站进行通路富集，最后进行TNBC患者的生存分析。
探讨BIRC5在肾透明细胞癌肿瘤组织中的表达水平及其与临床预后之间的关系。方法首先使用Oncomine以及癌症基因组图谱数据库预测BIRC5 mRNA在肾透明细胞癌中的表达情况，并探索其表达量与生存的关系。采用生存分析和比例风险回归模型评估BIRC5表达与肾透明细胞癌患者预后的相关性，并通过基因集变异分析以及基因集富集分析探讨BIRC5所富集的相关通路。此外，探究了BIRC5在肾透明细胞癌中共表达...
miR-486-5p的靶基因预测及其在胰腺腺癌中作用的生物信息学分析
胰腺肿瘤 miR-486-5p 基因 预后 计算生物学
2021/3/31
胰腺癌是癌症相关性死亡的终点之一，是消化系统恶性程度最高的肿瘤，其主要的病理类型为胰腺腺癌（PAAD），预后较差。miR-486-5p在不同癌症中起重要作用，但尚缺乏miR-486-5p在PAAD中的研究报告。本研究通过生物信息学方法探寻miR-486-5p的靶基因并分析靶基因在PAAD中的表达及意义。方法：使用PROGmiRV2数据库分析的miR-486-5p与PAAD预后的相关性综合运用多个数...
基于生物信息学分析肝细胞癌的核心基因
肝癌 核心基因 生物信息学分析
2021/2/25
采用生物信息学方法筛选在肝细胞癌中的异常表达基因，并分析其在肝癌中的临床意义及其可能的机制。方法 通过 GEO 数据库获取 GSE101728 基因芯片数据集，筛选差异基因；通过 STRING 和 Cytoscape 筛选出核心基因；利用 GEPIA 验证核心基因在肝癌组织中的表达及其临床意义，进一步利用 DAVID 进行 GO 分析及 KEGG 通路分析；通过 STRING 构建核心基因的 PP...
尿苷二磷酸-葡萄糖6-脱氢酶（UGDH）是一种将UDP-葡萄糖转化为UDP-葡萄糖醛酸的代谢酶，通过参与糖胺注射在肿瘤组织中的生物综合研究表明UGDH基因参与多种癌症的发生与发展，然而，目前尚无溃疡癌中关于UGDH基因的研究，因此本研究应用生物信息学方法研究UGDH在胰腺癌中的表达及其意义。方法：基于Oncomine数据库分析4个数据集中的鳞癌组织中UGDH基因的差异表达；对TCGA中鳞癌基因表达...