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中国科学院大学朱维良课题组开发分析药物结合口袋动态特征的新方法及网络应用平台D3Pockets（图）
中国科学院大学 朱维良 课题组 分析药物 结合 口袋动态 特征 新方法 网络应用 平台 D3Pockets
2019/9/16
药物分子一般通过与靶标蛋白结合而发挥药效。蛋白质上往往同时存在多个空腔，其中能和小分子结合并发挥调控蛋白质功能的空腔称为可药性口袋。不同于结晶状态，生物体中的蛋白质结构总是不停地运动变化着的。因此，蛋白质上药物结合口袋位置及动态性质等信息对基于结构的药物设计及先导化合物优化非常关键。据报道，目前已有基于打分函数或机器学习的分类模型方法，用于可药性口袋的预测研究。但这些方法大多只针对口袋的静态结构，...
中国科学院上海药物研究所开发分析药物结合口袋动态特征的新方法及网络应用平台D3Pockets（图）
中国科学院上海药物研究所 分析药物 口袋动态特征 网络应用平台 D3Pockets
2019/8/30
中国科学院上海药物研究所朱维良课题组发展了一种新方法，可基于分子动力学模拟轨迹文件或构象集来研究口袋的动态特性，并开发了相应的应用程序平台D3Pockets，用于研究蛋白质上潜在药物结合口袋的动态特性。该方法在HIV-1蛋白酶、BACE1、L-ABP、GPX4和GR等体系上的测试结果表明，D3Pockets可帮助药物设计及药物化学领域的研究人员研究比较靶标蛋白上多个潜在结合口袋的稳定性（图1）、连...
为探讨卡拉胶寡糖作为硫酸肝素类似物的抗肿瘤和抗血管新生机制, 以宫颈肿瘤细胞HeLa和人脐静脉内皮细胞HUVEC为研究对象, 考察几种不同聚合范围的寡糖结合bFGF及抑制乙酰肝素酶活性的作用。发现卡拉胶寡糖对正常细胞和肿瘤细胞均表现出低毒特征。在低浓度下, 具有结合bFGF并能抑制bFGF引起的细胞增殖能力, 其中λ-卡拉胶寡糖 (聚合度2～8) 效果最明显, 在质量浓度为20 μg?mLW...
组蛋白去乙酰化酶 (histone deacetylases, HDACs) 抑制剂可以在转录水平上调控基因表达, 导致肿瘤细胞生长停滞, 诱导肿瘤细胞分化和凋亡。目前应用最为广泛的氧肟酸结构可以与活性口袋底部锌离子螯合从而竞争性地抑制HDACs的去乙酰化作用, 但是氧肟酸结构存在代谢不稳定和选择性差的缺点难以成药。本文以二酮酸酯结构作为潜在的锌离子结合基团对氧肟酸进行替代, 共合成了8个目标化合...
采用光纤传感技术, 建立一种光纤传感技术快速分析甲硝唑片的方法。将探头浸入简单处理的药物 溶液中, 紫外光通过光纤传输到探头, 经溶液吸收后由探头反射回光纤, 最终由光纤传输到检测系统, 计算机显示扫描的紫外吸收光谱, 得出药物含量, 同时比较该法与药典方法的一致性。数据处理采用紫外全光谱相似度 法对比样品图谱与标准图谱的相似性, 探索一种新的鉴别药物真伪的方法。本研究结果表明, 本法可获得片剂 ...
齐墩果酸在人血浆蛋白和血清白蛋白中结合率的测定
齐墩果酸 蛋白结合率 LC-MS 平衡透析法
2011/7/29
A LC-MS method was established for the determination of the protein binding rates of oleanolic acid in human plasma and serum albumin. The equilibrium dialysis combined with LC-MS to determine the to...
目的 研究生物体液中7类47种常见毒物药物的系统分离分析方法。方法 选用通用性较好的新型紧压式三相混合填料的固相萃取柱(SPEC Multi-Modal)，采用酸性和碱性两步洗脱，建立同时提取血浆中几十种具不同理化性质的酸性、中性和碱性药物的系统化固相萃取方法。GC-MS系统分析方法将色谱系统的保留性质和质谱系统的特征离子、谱库检索相结合实行多指标定性。利用所选的每类药物及其代谢物代表碎片离子的质...
电喷雾离子阱质谱法研究蛋白与小分子配体间非共价结合的方法学探讨
电喷雾离子阱质谱 荧光 小檗碱
2009/11/23
以小檗碱与α1-酸性糖蛋白间的非共价结合作用为例，提出了一种新的质谱滴定法。其主要假定条件是：当蛋白与小分子配体间有一定亲合力、且作用配体的摩尔量大于作用蛋白的摩尔量时，蛋白复合物总浓度与作用蛋白总浓度近似相等。通过不同摩尔量比的小檗碱对α1-酸性糖蛋白的电喷雾离子阱质谱(ESI-IT/MS)滴定实验，分析小檗碱与α1-酸性糖蛋白复合物的结合特点，并应用荧光法进行验证。结果表明应用质谱滴定法与荧光...
微渗析结合RP-HPLC研究盐酸平阳霉素在家兔血中的药代动力学
盐酸平阳霉素 微渗析 反相高效液相色谱法 血药浓度
2009/11/20
采用微渗析技术研究盐酸平阳霉素在体药代动力学，用Supelco RP-amide C16柱进行样品的HPLC分析，盐酸平阳霉素的血药浓度用3P87程序处理。结果表明，家兔静注盐酸平阳霉素后，渗析液中的药物浓度在1.04～66.56 μg·mL-1时，浓度与峰面积有良好的线性关系(R2=0.999 4)。微渗析探针的在体回收率为(42.8±3.4)%(n =6)。所测血药浓度经3P87程序拟合后，药...
一种结合代谢的抗疟药体外筛选方法
体外筛选方法 代谢转化
2009/4/3
目的: 建立一种结合肝微粒体代谢的抗疟药体外筛选方法。方法: 在恶性疟原虫体外培养筛选抗疟药的常规方法基础上, 加入以大鼠肝微粒体及氧化型辅酶II等辅助因子组成的体外代谢系统, 分别检测常用抗疟药氯喹、咯萘啶、环氯胍与氯胍的抗疟活性。结果: 除氯胍外, 其它3药的原药即有抗疟活性, 但氯胍必须经代谢转化成代谢产物后才有抗疟作用。结论: 结合代谢的抗疟药体外筛选方法可以避免漏筛那些需经代谢转化后才具...
生物体内每时每刻都会有各式各样的短暂相互作用发生，它们单独或协同发挥着生物学效应。生物分子间的这些短暂相互作用的重要性已经得到了普遍认可，一种新的药物设计模式也因此被提出，即短暂结合药物设计，这种新设计模式的出现对以寻找最高靶标亲和物为基础的传统药物设计模式提出了质疑和挑战。本文除了对短暂结合药物形成的三种结合方式，包括高离解率结合、多价结合和多靶点结合进行探讨外，还对目前可用于短暂结合作用筛选的...
艾滋病毒Tat蛋白一全新高亲和力肝素结合位点被发现
艾滋病毒 Tat蛋白
2008/9/3
日前，中科院上海药物所科研人员首次发现艾滋病毒转录反式激活因子Tat蛋白上一个全新的高亲和力肝素结合位点，研究结果发表在PLoS ONE杂志2008年第7期上。
该研究以计算机分子模拟为指引，借助分子生物学和生物芯片技术，首次发现了Tat蛋白上一个全新的由Lys12，Lys41，Arg78组成的空间三联体、高亲和力肝素结合位点(KKR区)，这是继Tat蛋白已知肝素结合位点(碱性氨基酸...
同位素标记结合毛细管液相色谱和电喷雾质谱分析糖蛋白单糖组成
单糖 吡啶标识 同位素标记 液相色谱/质谱
2010/3/15
目的单糖组成分析能够为糖蛋白糖链结构的分析提供重要的信息。本文对一种高灵敏度及快速的单糖组成分析方法进行了研究。方法糖蛋白通过酸水解释放出全部单糖，然后经过乙酰基化(氨基单糖)，非氘取代2-氨基吡啶标识，毛细管石墨化碳柱分离，最终通过电喷雾质谱的可选择离子模式进行检测。由于分析中采用氘取代2-氨基吡啶标识的单糖作为内标，提高了单糖定量测定的准确性。结果本方法可测定低至1皮摩尔的单糖，并已成功应用于...
白三烯B4放射受体结合测定方法的建立及其特性的分析
白三烯B4受体 放射受体结合测定法
2010/3/1
Leukotriene B4 (LTB4),one of the metabolites of arachidonic acid via5-lipoxygenase (5-LO),plays important role in some inflammatory diseases as one of the most potentchemotaxis factor. A radio-ligand ...