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2024年4月1日，上海科技大学免疫化学研究所白芳课题组在国际学术期刊Journal of the American Chemical Society Au (JACS Au)发表了题为“Accurate characterization of binding kinetics and allosteric mechanisms for the HSP90 chaperone inhibitors...
基于多层注意力和消息传递网络的药物相互作用预测方法
药物相互作用预测 多层次注意力机制 消息传递神经网络 位置编码
2024/1/16
药物相互作用(Drug-drug interaction,DDI)是指不同药物存在抑制或促进等作用.现有DDI预测方法往往直接利用药物分子特征表示预测DDI,而忽略药物分子中不同原子对DDI的影响.为此,提出基于多层次注意力机制和消息传递神经网络的DDI预测方法。
桂枝茯苓方为经典的活血化瘀方，具有改善血液流变性、调节内分泌、抗炎、抗肿瘤、镇痛等作用。古代用于治疗妇人妊娠下血、行经腹痛、产后恶露不尽等症。现代临床其常用于治疗妇科疾病，如子宫肌瘤、卵巢囊肿、痛经、子宫内膜异位症等。对桂枝茯苓方近年来的化学成分、药理作用、临床应用以及质量控制的研究进展进行综述，并在此基础上，基于中药质量标志物（Q-marker）的"五原则"对桂枝茯苓方的Q-marker进行预测...
近日，中国科学院上海药物研究所研究员蒋华良应用严格的统计热力学理论，从配体（激动剂或抑制剂）与离子通道作用的微观机制出发，推导并建立了描述药物与离子通道相互作用量-效关系理论预测模型，其博士研究生白芳（现于莱斯大学从事博士后研究）编制了相应的计算程序，并成功应用于钾离子通道KCNQ2亚型与激动剂ztz240的作用机制的研究。上海药物所高召兵课题组应用电生理和膜片钳技术验证了上述理论预测模型，实验结...
清华大学交叉信息研究院曾坚阳课题组和药学院陈立功课题组合作发表药物-标靶相互作用预测的新颖机器学习算法（图）
清华大学交叉信息研究院 曾坚阳课题组 药学院 陈立功课题组 药物 标靶相互作用 机器学习算法
2017/9/20
清华大学交叉信息研究院曾坚阳课题组和药学院陈立功课题组合作开展的关于大规模异构网络中药物-标靶相互作用预测的论文《基于异构网络信息整合的药物-靶标相互作用预测和药物的重新定位》（ A Network Integration Approach for Drug-Target Interaction Prediction and Computational Drug Repositioning fro...
生物胶束色谱中黄酮类化合物定量保留-药动学性质预测模型的研究
生物胶束色谱 定量保留-药动学活性关系 黄酮
2013/11/14
利用生物胶束色谱（biopartitioning micellar chromatography, BMC）建立黄酮类化合物保留-药动学性质定量关系（quantitative retention activity relationship, QRAR）预测模型。 方法 测定化合物在pH=7.4的0.05 mol/L Brij 35缓冲盐流动相中的保留时间并计算保留因子，对保留因...
利用贝叶斯规整化神经网络模型研究45种吲哚烷胺对5-羟色胺（5-HT）1B/1D受体激动活性的定量构效关系。方法选取115种与结构相关的拓扑参数、几何参数和疏水性参数等,通过主成分分析法进行参数减元,建立基于10种主成分变量的活性预测贝叶斯规整化神经网络模型,并利用去一法（LEAVEONEOUT）对模型进行交叉验证。结果应用残差绝对值的平均值（MAE）进行筛选,得到隐含层神经元数目为10的模型...
计算机在预测药物稳定性中的应用
非恒温动力学 计算机 速度常数 活化能
2009/12/9
本文采用非恒温动力学方法对头孢唑啉的稳定性进行了研究,温度随时间连续等步增加,用计算机求解动力学方程,计算出各步温度的速度常数与相应浓度,根据残差平方和最小原则拟合出反应的活化能,实验结果与留样观察基本一致。
氟胞嘧啶注射液稳定性预测
氟胞嘧啶 氟脲嘧啶 稳定性
2009/12/9
Kinetics of hydrolysis of flueytosine (5-FC) was discussed to predict the stability of flucytosine injections. Reverse phase ion-pair HPLC was used to determine 5-FC in flucytosine injections. The sta...
5-FU相关的药物疗效及毒性预测分子研究进展
5-FU 药物疗效 毒性预测分子
2009/7/31
5-氟尿嘧啶(5-FU)作为一种抗代谢药物，已广泛应用于各种实体肿瘤的治疗.但是，由于肿瘤及个体异质性的影响，仍有部分患者对该药不敏感或出现严重致死性毒性反应.药物基因组学和药物遗传学分别以mRNA的表达和DNA基因型的分析为参数，从DNA/RNA水平上对药物的有效性、毒副作用以及患者的预后进行预测，针对不同个体选择药物，使真正意义上的化疗成为可能.本文着重论述了几个5-FU的疗效及毒性预测分子...
经典恒温法和多元线性模型预测药物稳定性的空间解析
药物稳定性 多元线性模型 经典恒温法 三维坐标系
2010/2/22
应用三维坐标系,以图示方式解析药物稳定性预测法中经典恒温法数据处理的复杂性,提出一个简便的药物稳定性预测方法多元线性模型。此模型是以药物的浓度函数ln[f(c0)-f(c)]和绝对温度的倒数1/T为变量,对时间的对数ln(t)进行多元线性回归,以此计算药物的活化能和室温贮存期。结果表明:多元线性模型可以简化数据处理,明显减少实验工作量和误差。
首次提出了预测药物稳定性的多元线性模型。该模型指出,任何满足恒温降解动力学公式和Arrhenius公式的药物,都可在3维坐标系中以药物平面形式表示。以药物的浓度函数ln[f(c0)-f(c)]和绝对温度的倒数1/T为变量,对时间的对数ln(t)进行多元线性回归,可以计算得到药物的活化能和室温贮存期。应用多元线性模型和经典恒温法对替诺昔康注射液(自制)、抗坏血酸注射液及盐酸丁卡因水溶液的室温贮存期预...
薄层色谱中最佳展开剂配比的预测
薄层色谱 单纯形法 复合形法
2010/1/29
本文根据薄层色谱中样品保留值,样品斑点展宽与多元流动相组成间的关系以及经修改了的复合形和改良单纯形寻优算法,初步建立了一套用计算机寻求最佳展开剂配比的方法体系,并运用本文建立的寻优方法确定了分离中成药戊己丸中有效成分的最佳展开剂配比。
本文用线型变温法,同时用经典恒温法,对同一批号硫酸链霉素水溶液进行稳定性预测,得到硫酸链霉素在pH=6.50水溶液中的分解活化能分别为E=33 kcal·mol-1及E=34 kcal·mol-1;室温速度常数分别为k20℃=5.7×10-6h-1及k20℃=5.0×10-6h-1。
25%抗坏血酸注射液稳定性的研究 25%抗坏血酸注射液贮存期的预测
25%抗坏血酸注射液 稳定性 贮存期
2010/3/26
用经典恆温加速试验法(98、90、80和70℃)预测了25%抗坏血酸注射液的贮存期。对实验数据根据变色速度方程用四种方法进行了处理以求贮存期,即用指数函数式、二次函数式、Weibull分布函数进行计算,以及直接从变色曲线查找。用这四种方法所求得的贮存期基本一致,为30个月.也与留样观察的结果一致。